Да, оказывается кривизна rubygems уже очень хорошо описана тут.

Из коментов:

Java, as you mention, is a complete disaster.  
I shudder to think how many independent copies there are of some libraries 
like log4j on some Java application servers.

Аналогичная проблема у Gems и всего этого iRails based комьюнити. Авторы rubygems не курили FHS.

Vendor all философия хороша для частных веб проектов на шаред хостинге, но когда дело касается приложений, которые будут устанавливаться на сотнях тысяч серверов или десктопов, эта философия полностью обламывается.

Quite a few people kind of stared blankly at me and said, 
multiple times, "I just put it in vendor". Since then, this has become 
my go-to phrase for describing the Ruby way of solving distribution 
problems: "I just put it in vendor". I keep waiting for someone 
to try to put their kernel or web browser in vendor: 
"We only support the Firefox copy in vendor, sorry".

Да, just put all in vendor - это кривое решение для жирных ынтырпрайз проектов и маковского stuff.dmz. Firefox для Mac, скажем, весит в 2 раза больше чем для Linux. Напоминает проекты на Java в которые “вмораживается” база данных, виртуальная машина и весь подтыренный bsd-licensed стафф (который обрастает патчами и очень быстро ответвляется в замшелую, никому не нужную и дорогую в поддержке ветвь разработки).

В мире опенсорс такой подход – бессмыслица и с ней нужно бороться (просто оставить её проприетарщикам как defect by design).

PS: Эпидемическое

Passenger follows this recommendation as well: 
we vendor the Boost C++ library.

Ребята, а почему бы вам не вморозить в passenger еще и конкретную версию Apache?